元朝管理西藏的機構是設置總制院（後改稱“宣政院”），直接管理西藏地區軍政要務。作爲管理西藏的中央機構。宣政院掌管西藏地方的軍事、行政、司法和宗教等各項事務，是西藏和其他藏區的最高管理機構。西藏地方官員的舉薦、任用以及在西藏地方調解糾紛、審理案件，完善驛站體系、實施戶口調查等等，都是在宣政院的主持下進行的。
