農業養殖用地辦證申請流程如下：
1、計劃養殖者需持設施農用地建設方案及用地協議向所在地鄉鎮政府提出用地申請。
2、鄉鎮政府依據設施農用地管理的有關規定對經營者提交的資料進行審查，符合要求的，由鄉鎮政府牽頭，會同區國土、農業、畜牧、環保等部門及計劃養殖者對項目用地進行現場踏勘，畜牧部門具體審覈畜禽養殖場規模佈局及畜禽種類是否符合畜牧規劃要求，符合規定要求的，由鄉鎮政府報區政府審批。
3、經區政府批准後，計劃養殖者方可建設生產設施用地，而後經國土部門會同相關部門初驗符合設計要求的，國土部門向經營者頒發設施農用地備案通知書，計劃養殖者方準建設附屬設施用地。
各地的流程可能會稍有不同，建議先去當地政府部門瞭解相關政策。
