法院運用間接證據定案應遵循的規則是:1、間接證據必須客觀真實。2、間接證據必須與案件事實存在客觀聯繫。3、間接證據之間以及間接證據與案件事實之間必須協調一致。4、所有查證屬實,準確可靠的間接證據結合起來,只能得出一個結論,證明一個唯一的事實,並且排除了其他一切可能性。【法律依據】《刑事訴訟法》第四十六條規定沒有被告人供述只要證據確實充分的,可以認定被告人有罪和處以刑罰的原則。