1、管理範圍不同：水務局的管理範圍大於水利局，因爲水務局除了具備水利局的管理職能外，還管理城市排水工程建設。同一地區設立了水務局，便不再設水利局。
2、所屬部門不同：水利局是自來水公司（供水公司）的上級部門，就是自來水的領導部門。水務局是行政事業部門，自來水是事業單位，靠自收自支。
3、管理職能不同：上級主管部門依次都是省水利廳、水利部，部分城市在水務體制改革後把水利局改爲水務局，針對城市管理特點強化了城市供水、排水等市政管理職能，而相對農田水利建設方面就沒有那麼突出，故更名水務局。
可以理解爲水務局在原水利局的基礎上強化了涉水市政管理職能。
