審覈的基本方法是按操作流程自上而下或自下而上的審覈方法、按要素審覈的方法、按部門審覈的方法、順藤摸瓜審覈方法、現場掃描審覈方法。在審覈過程中如何抽取文件資料樣本、設備型號、工具編號、查證記錄、發現問題和獲取客觀證據，則需根據實際情況和所掌握的審覈技術來選擇適宜的方法。
1、按操作流程自上而下或自下而上的審覈方法：包括自上而下即自原材料生產至最終產品產出，或自下而上即自最終產品產出逆向而上到原材料生產兩種方法。
2、按要素審覈的方法：指以要素爲中心，對該要素所涉及的部門皆進行審覈。
3、按部門審覈的方法：對該部門所有活動和所涉及的要素一次審覈清楚，不反覆去該部門調查，然後按要素把該部門審覈的結果彙總起來，得出該部門的審覈結論。
4、順藤摸瓜審覈方法：是以問題線索爲主導，深入追查或覈實。審覈員先到信息集中的部門進行審覈，根據這一部門的有關信息發現體系中可能存在的問題，並就某些信息的落實和實施情況到有關部門進行覈查。
5、現場掃描審覈方法：現場掃描是以全面觀察現場現象爲主的審覈方法。這種方法是審覈員到作業現場後，先對作業現場概況進行掃描，然後抽取一定的樣本進行覈查。標準的一些要素的要求，如運行控制、檢查與糾正措施等，只有通過現場掃描，才能獲得客觀證據，得出準確結論。
