1、大量工業廢水排入巢湖，巢湖接廢水污水量爲五大湖之首，目前巢湖全市有大中型企業54家，有皖維高新、巢東股份、新力藥業、華星化工四家上市公司。特別是上世紀90年代以前，大量工業廢水未經處理直接排入巢湖。
2、生活污水的排放，大部分生活污水都是未經處理直接排入巢湖，沿湖居民每年向巢湖排放生活污水1億多噸。
3、沿湖農田大量施用化肥、農藥，經地面徑流帶入巢湖，使得巢湖氮氧元素超標，水體富營養化嚴重，水體含氧量降低，形成面源污染。
4、水土流失、湖岸崩塌帶入大量泥沙，每年約沉積100餘噸，增加入湖氮、磷。由於泥沙淤積，湖容積逐漸減小。
5、巢湖水封閉性大，湖水更新循環較慢，導致大量營養性污染物滯留湖內，生態環境失調，加速其富營養化進程。
