1、冰箱冷藏：
醃好的檸檬蜂蜜如果放在20度左右的常溫下，其保存時間大概只有3-4天左右，但若是放入冰箱冷藏，溫度控制在3-10度左右的話，細菌在低溫環境下不容易滋生，可大大延長其保存時間。
2、少打開：
每打開一次裝檸檬蜂蜜的瓶子，就會多進入一些細菌等不潔物質，從而影響蜂蜜檸檬的食用保質期，建議如果不是要使用的話，儘量不要老是打開檸檬蜂蜜，每次打開記得蓋緊瓶蓋，以免細菌等微生物滋生，導致其快速變質。
3、用乾淨無水的器具取用：
取檸檬蜂蜜時，要用事先清洗過乾淨無水分殘留的勺子或筷子，如果上面沾有水分或不潔物質的話，都會導致檸檬蜂蜜保存時間縮短。
4、製成果醬：
檸檬蜂蜜如果是做成果醬樣的形態，其含糖量會更高，水分更少，這樣更不利於微生物的繁殖，能保存更長的時間，通常做好的檸檬蜂蜜果醬可常溫保存1個月，低溫保存3—6個月左右。
