根據情況而定。工廠的瓜子仁是用機器剝出來，瓜子先進入提升機和多種除雜機，去除兩個並在一起的瓜子和雜物。然後進入脫殼機，從側面擠壓撞擊瓜子，導致瓜子皮破碎。再經過多層分離器，瓜子皮吹走，留下瓜子仁。少量的瓜子仁通常是人工剝，由人手工或者使用指甲刀、帶孔鑰匙等工具，剝開瓜子外殼，從而剝出瓜子仁。
