1、1984年，鍾南山被授予“中國首批國家級有突出貢獻專家”稱號。
2、1992年，鍾南山獲“中國全國衛生系統模範工作者”稱號。
3、1997年1月15日，鍾南山被中共廣州市委授予“模範共產黨員”的稱號。
4、2003年，鍾南山被廣州市授予“抗非英雄”榮譽稱號。
5、2004年4月8日，鍾南山被授予中國國內衛生系統的最高榮譽稱號——白求恩獎章。
6、2018年12月18日，黨中央、國務院授予鍾南山同志“改革先鋒”稱號，頒授改革先鋒獎章，並獲評“公共衛生事件應急體系建設的重要推動者”。
7、2020年8月11日，習近平簽署主席令，授予鍾南山“共和國勳章”。
