苗族先民有自己崇拜的圖騰。由於苗族支系繁多、分佈廣，他們崇拜的圖騰有多種。如鳳凰、楓木、蝴蝶、神犬（盤瓠）、龍、鳥、鷹、竹等。黔東南地區的苗族先民把楓木作爲圖騰進行崇拜，認爲自己的祖先源於楓木。
另外他們還把蝴蝶作爲圖騰，認爲其祖先姜央是“蝴蝶媽媽”所生。湘、鄂、川、黔交界地區的苗族先民還以盤瓠爲圖騰，至今這一帶還保留了不少盤瓠廟、辛女宮。而貴州西部苗族則以鳥爲圖騰。
苗族信鬼尚巫源遠流長，新中國成立後仍很普遍，所信的鬼神多達幾十種。他們把鬼分爲善、惡兩類：認爲善神能賜福於人，爲此應該經常祭獻，惡鬼則與人作祟，降災降禍，應當祈解和驅逐。認爲要達到此目的，就要通過巫師實行巫術。
巫師是溝通人與鬼神的中介人，有較高的文化素養，受到苗族羣衆的敬重。巫師實行的巫術主要有占卜、禳解、招魂等。
