１０℃需要發酵７－１０天，２０℃需要發酵４－５天，３０℃需要發酵２－３天。在土壤中的脲酶作用下，水分適當時土壤溫度越高，轉化越快；當土壤溫度１０℃時尿素完全轉化成銨態氮需７－１０天，當２０℃需４－５天，當３０℃需２－３天即可發酵完成。使用糞便發酵劑發酵有機肥能夠有效抑制糞尿中的有害病菌，提高有機肥利用率。判斷糞尿發酵成功標誌是，氣味比起發酵前小。尿素水解後生成銨態氮，表施會引起氨的揮發，尤其是鹼性或鹼性土壤上更爲嚴重，因此在施用尿素時應深施覆土，水田要深施。
