系統相對論認爲，太陽黑子就是在太陽內部自循環系統的外側形成的超分子體。這些超分子體在液態物質環流的推動下到達太陽表面後，它們阻斷了下面的對流向上加熱表面，這就是我們觀察到的太陽黑子；由於這些超分子體中部較厚邊沿較薄，而呈現爲中央很黑的“本影”和外側較暗的“半影”；當超分子體漂移到環流推力較弱的區域時，超分子體又沉入太陽體內，這時太陽黑子也就消失了。超分子體沉入太陽體內後，在自循環系統的外側再次聚集、相互粘連形成一個包覆自循環系統的固體殼層。由於自循環系統持續產生各種物質，導致內部壓力不斷增大，當這個壓力超過超分子殼層的承受力時，殼層爆裂，內部高溫高壓的液態物質流率先衝到太陽表面，形成“耀斑”；隨後解體的超分子碎塊隨液態物質環流再次緩緩浮到太陽表面，形成太陽黑子。當大量太陽黑子浮到太陽表面時，又一個太陽磁週期就到來了。
