在明朝的歷史上，一共出現過三個都城：
1、中都。1368年，朱元璋稱帝，定國號爲明。並選擇了應天，也就是現在的南京作爲京師，以開封爲陪都，以供“春秋巡狩”。但是在1369年，朱元璋又改變了主意，把自己的家鄉鳳陽作爲中都，並營造宮殿。但是1375年，朱元璋又突然放棄了
2、南京。在放棄了鳳陽中都之後，朱元璋正式的把南京作爲明朝的首都。
3、北京。1402年，朱棣佔領南京，次年（永樂元年）改北平爲北京，開始了遷都的準備工作。明成祖永樂十九年（1421年）遷都北京，南京應天府改爲留都。
留都纔是南京在歷史上作爲明朝原首都的正史稱呼。 明成祖遷都北京後，仍然保留了南京的都城地位，並保留了一套中央機構。南京和京師一樣，設六部、都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等機構，官員的級別也和京師相同。北京所在府爲順天府，南京所在府爲應天府，合稱二京府。
