理論上來說是不可以的，過濾網只是一種簡單的物理過濾作用，清楚大於一定大小的固體物質，而蛋白分離器不是過濾器，而是一臺簡單的機器，蛋白分離器能增加水中的溶氧量，而過濾網不行。
蛋白分離器會氧化水中的微量元素，從而導致鹽分的喪失，另外，如果是淡化海水的話，海水被霧化後會無孔不入，且腐蝕性很強，同時，水中也含有一些蛋白質分離器所不能分解的物質，包括血漿蛋白之類的蛋白質，以及氨基酸中蛋白素的某些成分。
通常蛋白質分離器只能清除30%到50%的物質，若要蛋白質分離器愈活躍，它所需要的動力就愈多，而過濾網的效果只與水裏不溶性顆粒的大小有關。
