國家出入境檢驗檢疫局徽章由蛇杖、天平、長城、橄欖葉組成，深藍底色，除國徽以外，其他部分均爲金黃色。整體形狀爲圓形盾牌，寓意安全與保護。
國徽是國家的象徵和標誌，表示出入境檢驗檢疫局依照國家的法律、法規行使職權，維護國家利益。
深藍底色，象徵出入境檢驗檢疫局科學的管理與精湛的技術；蛇杖由交纏在橄欖枝上的兩蛇和伸展的雙翼組成，爲國際通用標誌，代表國際貿易；天平代表出入境檢驗檢疫局工作的公證性與準確性，圓規與等邊三角形表現檢驗檢疫行業特色，即“沒有規矩，不成方圓”；長城表示出入境檢驗檢疫局的執法把關職能；環繞的橄欖葉，象徵枝繁葉茂，借寓出入境檢驗檢疫事業蓬勃發展。
