分子與原子的根本區別是在化學變化中，分子可以再分，原子不可分。分子是獨立存在而保持物質化學性質的最小粒子，由組成的原子按照一定的鍵合順序和空間排列而結合在一起的整體，這種鍵合順序和空間排列關係稱爲分子結構。由於分子內原子間的相互作用，分子的物理和化學性質不僅取決於組成原子的種類和數目，更取決於分子的結構。原子構成化學元素的基本單元和化學變化中的最小微粒，即不能用化學變化再分的微粒，由原子核和繞核運動的電子組成。原子構成一般物質的最小單位，稱爲元素。已知的元素有119種。因此具有核式結構。
