《孤戰》的結局是冷劍屏被抓了起來，李世傑自殺了，黨衛國犧牲了，蘇翻譯被抓了起來，康子芹回到了延安，陳曉生下了一對兒女，丹丹也如願以償來到了抗日的大後方。
謝易夫拿到了丹丹的珠寶準備自己逃走，被康子芹和老趙攔住並且揭發了他，他爲了自保以丹丹爲要挾，在亂戰中被多三擊斃。老趙和康子芹在指定的地方等着提審出來的黨衛國，但另一邊蘇翻譯的言行引起了黨衛國的懷疑，當康子芹他們趕到時，黨衛國犧牲了。大島說李世傑有通共的嫌疑，李世傑決定把康子芹騙出來交給日本人，而康子芹與他在電話中的一段誘導性談話被共產黨方面記錄了下來。大島前去抓捕李世傑，和康子芹通話的錄音讓李世傑啞口無言，冷劍屏正得意洋洋，但沒想到那一天他與李世傑在郊外的談話也被錄了音，冷劍屏被抓了起來，李世傑自殺了。蘇翻譯和康子芹一起回到了延安，但延安方面早已知道蘇翻譯就是日本派來的間諜，立即把他抓了起來，他也坦白了一切。最終，陳曉在延安把這次孤戰的經歷寫了下來，也在延安順利生下孩子。
