噬菌體有時有益，有時有害。益是因爲它會“吃”掉某些在人體內的病菌，可能起到治病的效果；害是因爲它可能會“吃”掉一些益菌或其它本身屬於害菌但被人利用做一些有益的事的細菌或真菌（如：大腸桿菌、葡萄球菌、酵母菌等）造成很大的損失。
