VB法中認爲電子隸屬於原子，存在於特定的原子軌道上，原子軌道與原子軌道形成價鍵，原子間只有價鍵電子存在共用或偏移。MO法認爲電子隸屬於整個分子，爲原子所共有，存在於由原子軌道線性組合的分子軌道上。一般來說，VB法理論較爲成熟，易於理解，更加形象，但有很多不足：而MO法雖然涉及的計算較爲複雜，但能很好的解釋一些例如分子磁性、電環化反應等問題。
