目前以纖維素爲原料生產單細胞蛋白飼料的工藝中，原料一般要經過預處理,包括粉碎和用化學物質處理，然後洗去多餘的處理劑，再加適量的其他營養物質，再行發酵。生產工藝大致可以概括爲兩種類型，一種是液態發酵，生產單細胞蛋白純品;另一種是半固態發酵，最後把單細胞蛋白和未發酵剩餘的基質一 起混合收穫，這種工藝只能用於飼料生產。
