1、法律依據不同。國有獨資企業遵循《全民所有制企業法》，國有獨資公司遵循《公司法》。
2、管理體系不同。國有獨資企業由政府出資，隸屬於政府，實行政府任命或職工選舉並經政府審覈同意的廠長(經理)負責制，注重隸屬關係；國有獨資公司是以“歸屬清晰、權責明確、保護嚴格、流轉順暢”的現代產權制度爲指引，建立明確的以資產爲紐帶的現代國有產權管理體系。
3、治理結構不同。國有重點大型企業監事會由國務院派出，對國務院負責，代表國家對國有重點大型企業的國有資產保值增值狀況實施監督。
4、管理者角色不同。國有獨資企業的廠長(經理)是上級任命的，是企業法定代表人，在企業生產經營中處於中心地位。國有獨資公司總經理是由董事會聘任，對董事會負責，根據董事會的決策，對企業的日常經營管理工作負全面的責任，董事會與總經理之間是一種聘用關係。
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