吳健雄學院其前身可以追溯到1985年9月成立的東南大學少年班。 與全國其它重點高校一樣，東南大學自上世紀八十代中期以來一直在探索優秀人才培養模式和培養目標。2004年2月吳健雄學院正式成立，原強化班改稱爲“電子信息類強化班”，採用前期大類基礎集中培養、後期專業分流的“2加2”培養模式；2004年8月開設了“機械動力類強化班”；使本科人才培養涵蓋了該校信息工程、電子科學與技術、自動化、計算機科學與技術、生物醫學工程、電氣工程及其自動化、測控技術與儀器、機械設計製造及其自動化、熱能與動力工程等9個專業，學生人數擴大到每屆120人。
