自動離職有工資，不論以何種形式離職，只要勞動者爲用人單位付出勞動後，就相應地有獲得勞動報酬的權利。不過公司可因自動離職作適度的工資扣減，但這必須建立在合乎程序的規章制度度之下，比如規章制度經民主程序討論經大部分職工認可，進行公示，員工入職有進行培訓並簽名確認等，或者勞動合同中有約定。
【法律依據】
《勞動合同法》第50條，用人單位應當在解除或者終止勞動合同時出具解除或者終止勞動合同的證明，並在十五日內爲勞動者辦理檔案和社會保險關係轉移手續。勞動者應當按照雙方約定，辦理工作交接。用人單位依照本法有關規定應當向勞動者支付經濟補償的，在辦結工作交接時支付。用人單位對已經解除或者終止的勞動合同的文本，至少保存二年備查。
