會危及人類生命健康，具體危害如下：
1、 引起急性和慢性中毒。水體受有毒有害化學物質污染後，通過飲水或食物鏈便可能造成中毒。水俁病、痛痛病就是由水體污染引起的。
2、致癌作用。某些有致癌作用的化學物質如砷、鉻、鎳、鈹、苯胺、苯並芘和其他多環芳烴、鹵代烴污染水體後，可被懸浮物、底泥吸附，也可在水生生物體內積累，長期飲用含有這類物質的水，或食用體內蓄積有這類物質的生物（如魚類）就可能誘發癌症。
3、發生以水爲媒介的傳染病。人畜糞便等生物污染物污染水體，可能引起細菌性腸道傳染病如傷寒、痢疾、腸炎、霍亂等；腸道內常見病毒如脊髓灰質類病毒、柯薩奇病毒、傳染性肝炎病毒等，皆可通過水體污染引起相應的傳染病。
