1、人文社會科學學部：經濟與管理學院，政法學院，馬克思主義學院，外國語學院，文學藝術學院，商學院，體育學院；2、理學科學學部：理學院，師範學院，兵團教育學院，生命科學學院；3、工程科學學部：機械電氣工程學院，水利建築工程學院，信息科學與技術學院，化學化工學院，食品學院；4、醫藥科學學部：醫學院，藥學院；5、農學科學學部：農學院，動物科技學院；6、其它科技學部：科技學院，成職教育學院。
