哈佛大學擁有11個研究生院、40多個系科、100多個專業的大型院校；
11所研究生院是：文理學院、商業管理學院、肯尼迪管理學院、設計學院、教育學院、法學院、神學院、醫學院、牙醫學院、公共衛生學院及大學擴展部；
哈佛大學著名的院系： 生物科學部、文理學院的生物化學與分子生物學系、計算機技術研究中心、地質學系、化學系、應用科學部等；
醫學院的細胞與進化生物學系、生物化學系、微生物與分子遺傳學系、神經生物學系、生物學與生物物理學系、免疫學委員會、藥物學系、與MIT合建的健康科學部等，公共衛生學院的微生物學系；
設計學院的建築系和設計專業、教育學院的管理、計劃和社會政策專業，教學、課程和學術環境專業，人的發展、閱讀和諮詢心理專業等。
