被檢察院決定不起訴決定的當事人是否會有案底要視具體情況而定：
1、如果犯罪嫌疑人是因沒有違法犯罪事實而被決定不起訴的，則不會有案底。
2、如果犯罪嫌疑人不是因沒有違法犯罪事實而被決定不起訴，而且因犯罪情節輕微或具有《刑事訴訟法》第十五條規定的情形之一而被不起訴的，仍會有本應的案底記載。
【法律依據】
《刑事訴訟法》第十五條，有下列情形之一的，不追究刑事責任，已經追究的，應當撤銷案件，或者不起訴，或者終止審理，或者宣告無罪：
(一)情節顯著輕微、危害不大，不認爲是犯罪的；
(二)犯罪已過追訴時效期限的；
(三)經特赦令免除刑罰的；
(四)依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的；
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
(六)其他法律規定免予追究刑事責任的。
