秦朝末年秦始皇的兒子胡亥和扶蘇的部分子孫遷居到朝鮮，後來他們再由朝鮮遷到日本，此時他們已改姓“秦”。到日本的初期他們中有人掌管日本朝廷的出納工作並且爲天皇養蠶織絹，天皇賜姓、叫其中一部分人改姓“太秦公”。雄略天皇執政時期，姓秦的秦始皇的後代在當時日本京城的人口中佔了92部，總共18670人，到日本欽明元年時在京都繁衍到了7053戶、35000人左右。現在日本京都附近的太秦就是日本秦氏的初居地。
到九世紀時，日本秦氏已分支成太秦公、秦、秦冠、河內秦、山城秦等15個姓氏，到現在，日本秦氏已分化出總共44個姓。明治維新時日本政府要求所有的日本人都必須有姓，並且強迫部分秦始皇的後代改姓羽田、波多等姓。
