職工報銷醫藥費根據不同的部門，計入相應的會計科目中。管理行政部門等發生的醫藥費，計入管理費用科目；業務部門發生的醫藥費，計入銷售費用科目；生產部門等發生的醫藥費，計入製造費用科目。
企業應當在實際發生時根據實際發生額編制分錄：
借：製造費用、管理費用、銷售費用等
貸：應付職工薪酬——職工福利費
借：應付職工薪酬——職工福利費
貸：庫存現金/銀行存款
若企業未參加醫療統籌(社保)，員工報銷的個人醫藥費可以列入職工福利費，按規定在企業所得稅稅前扣除；若企業已參加醫療統籌(社保)，在繳納醫療保險費之外又給員工報銷醫療費用，不能在企業所得稅前扣除。
