清華大學自動化系成立於1970年。1970年5月，清華大學將一批有關的專業聯合建立起國內第一個自動化系（初期名爲工業自動化系），其人員主要來源於電機系和動力機械系兩大部分。自動化系的學科涵蓋控制科學與工程一級學科中的七個二級學科。建有控制科學與工程博士後流動站。現有包括國家CIMS工程研究中心、教育部生物信息學重點實驗室和國家重點實驗室智能技術與系統實驗室智能信息處理分室在內的十多個實驗室或研究中心。
