測定微生物數量的常用方法有血細胞計數法，稀釋塗布平板法，濾膜法，比濁法，顯微鏡直接計數法。
血細胞計數法是將稀釋的菌液樣品滴在血細胞計數板上，在顯微鏡下計算4~5箇中格的細菌數，並求出每個小格所含細菌的平均數，再以此爲依據，估算總菌數。
稀釋塗布平板法原理：每個活細菌在適宜的培養基和良好的生長條件下可以通過生長形成菌落，培養基表面生長的一個菌落，來源於樣品稀釋液中的一個活菌。
濾膜法是當樣品中菌數很低時，可將一定體積的湖水、海水或飲用水燈樣品通過膜過濾器，然後將濾膜乾燥、染色，並經處理使膜透明，再在顯微鏡下計算膜上（或一定面積上）的細菌數。
