細胞質是細胞質膜包圍的除核區外的一切半透明、膠狀、顆粒狀物質的總稱。細胞質包括基質、細胞器和包含物，在生活狀態下爲透明的膠狀物。
細胞質基質又稱胞質溶膠，是細胞質中均質而半透明的膠體部分，充填於其他有形結構之間。細胞質基質的化學組成可按其相對分子質量大小分爲三類，即小分子、中等分子和大分子。小分子包括水、無機離子;屬於中等分子的有脂類、糖類、氨基酸、核苷酸及其衍生物等;大分子則包括多糖、蛋白質、脂蛋白和RNA等。
細胞器是細胞質中具有特定形態結構和功能的微器官，也稱爲擬器官或亞結構。細胞中的細胞器主要有：線粒體、內質網、中心體、葉綠體，高爾基體、核糖體等。它們組成了細胞的基本結構，使細胞能正常的工作，運轉。其中，葉綠體只存在於植物細胞，液泡只存在於植物細胞和低等動物，中心體只存在於低等植物細胞和動物細胞。
包含物是細胞質中本身沒有代謝活性，卻有特定形態的結構。有的是貯存的能源物質，如糖原顆粒、脂滴;有的是細胞產物，如分泌顆粒、黑素顆粒;殘餘體也可視爲包含物。
