因爲工程存在以下爭議：
耗資巨大，涉及大量的移民問題，調水量太少，發揮不了經濟效益，調水量過多，枯水期可能會使長江的水量不足，影響長江河道的航運，長江口的鹹潮加深，更有可能引發長江流域自然環境生態危機；三峽工程和南水北調的同時作用，可能會對長江中下游地區產生難以估量的影響，尤其是在旱季和枯水期；南水北調中線工程河南省近33萬人搬遷，搬遷給移民生活帶來顛簸動盪。有些移民因爲得到的補償款不足，在買下政府提供的住房之後，所剩款項只能購置一小塊耕地；南水北調成本已經高於現有的海水淡化成本；2011年上半年，三峽下游三省湖南、湖北、江西遭遇史無前例旱情，僅湖北省就有1300餘座水庫低於死水位。鄱陽湖、洞庭湖、洪澤湖水位嚴重偏低，我國最大的淡水湖只剩下水域面積的十分之一，這一系列事件引起社會各界對三峽大壩的廣泛質疑。
