因爲藍藻不具備完整的真核細胞結構，不像綠藻那些藻類有完整的結構，比如說有細胞核或者線粒體等。因爲藍藻是原核生物，而通常的藻類是真核生物。所以現在藍藻已經劃到細菌一類，稱爲藍細菌。藍藻是真核生物， 結構簡單，因爲它是原生動物，同時生活在水裏。
