1、典型的熱帶雨林氣候，年平均溫度25-27℃，無四季分別。北部受北半球季風影響，7-9月降水量豐富，南部受南半球季風影響，12月、1月、2月降水量豐富，年降水量1600-2200毫米。2、印尼河流衆多，水量豐沛，但都比較小。較大的河流有爪哇島的梭羅河以及加裏曼丹島的巴里託河、卡普阿斯河、馬哈坎河，其中梭羅河全長560公里。較大的湖泊有多巴湖、馬寧焦湖、車卡拉湖、坦佩湖、託武帝湖、帕尼艾湖等，其中蘇門答臘的多巴湖爲印尼第一大湖。
