軍婚分居兩年不能自動離婚。法律上沒有自動離婚的說法。【法律依據】《婚姻法》第三十二條第二款：人民法院審理離婚案件，應當進行調解；如感情確已破裂，調解無效，應准予離婚。有下列情形之一，調解無效的，應准予離婚：(一)重婚或有配偶者與他人同居的；(二)實施家庭暴力或虐待、遺棄家庭成員的；(三)有賭博、吸毒等惡習屢教不改的。因此除非軍人自身同意離婚，否則如果軍人的配偶想要離婚的，必須要軍人有賭博、重婚等重大過錯，分居兩年是不適用軍人離婚的規定的。
