水果玉米不是轉基因的，吃的玉米粒從植物學角度可以分爲種皮、胚乳和胚三個部分，影響玉米甜度的關鍵因素就在玉米的胚乳中。玉米在成熟過程中會通過光合作用產生葡萄糖，並把它們運輸到胚乳，以澱粉的形式儲存起來。儘管在化學上澱粉是糖的聚合物，但它本身吃起來可沒有甜味。我們吃的普通玉米味道不甜，口感粉粉的，就是這個原因。
水果玉米的胚乳中不只有澱粉，還有相對含量很高的水溶性多糖，這就賦予了其不同於普通玉米的甜味。究其背後的原因，是在水果玉米控制澱粉合成的一系列基因中，有一個或幾個基因發生了自然的突變，處於純合隱性狀態，切斷了部分還原性糖向澱粉轉化的過程。這點“小缺陷”反而促成了玉米香甜可口的味道。
