美劇《國土安全局》第二季講述的是美國中央情報局特工卡莉調查恐怖主義襲擊威脅的事情。
卡莉在第一季結尾選擇了電擊療法，第二季開篇就是電擊療法後第六個月，那時卡莉正在努力尋找自己丟失的記憶，布洛迪還在爲恐怖組織做事，潛伏在中情局。
卡莉原本已經過上了平淡的生活，但由於局勢緊張，卡莉再度被啓用，被要求去黎巴嫩執行任務，儘管大家都不同意卡莉重返貝魯特，但卡莉還是回去了。
卡莉和布洛迪的悲劇愛情還在繼續，但布洛迪已經引起了卡莉和索爾的懷疑。布洛迪泄露了抓捕納齊爾的計劃，只擊斃了納齊爾的助理和副官。
索爾和大衛還在悄悄懷疑卡莉的精神狀態，對卡莉是否能順利完成任務持懷疑態度，這讓卡莉差點精神崩潰。而且卡莉重新回到中情局感到很不適應。
布洛迪和妻子傑西卡之間的矛盾越來越大，儘管有了兩個孩子，但布洛迪和傑西卡已經形同陌路，傑西卡也和布洛迪好友麥克交往了，布洛迪和卡莉之間的感情也沒有明確。
布洛迪基地組織間諜的身份被曝光，卡莉主動策反布洛迪，讓布洛迪變成雙面間諜，爲中情局效力，假意爲基地組織工作，可基地組織早有準備，布洛迪很難洗刷冤屈。
