稅務登記證遺失的，納稅人應當及時向稅務機關報告，登報掛失。如果不能找回的，則納稅人可以攜帶營業執照、組織機構代碼證等身份證件，申請稅務機關補辦。
法律依據：
《中華人民共和國稅收徵收管理法》第十七條
從事生產、經營的納稅人應當按照國家有關規定，持稅務登記證件，在銀行或者其他金融機構開立基本存款帳戶和其他存款帳戶，並將其全部帳號向稅務機關報告。銀行和其他金融機構應當在從事生產、經營的納稅人的帳戶中登錄稅務登記證件號碼，並在稅務登記證件中登錄從事生產、經營的納稅人的帳戶帳號。稅務機關依法查詢從事生產、經營的納稅人開立帳戶的情況時，有關銀行和其他金融機構應當予以協助。
第十八條
納稅人按照國務院稅務主管部門的規定使用稅務登記證件。稅務登記證件不得轉借、塗改、損毀、買賣或者僞造。
