清朝索尼爲病逝，具體原因如下：
1、康熙帝即位之後，鰲拜日益囂張跋扈與議政大臣蘇克薩哈勢不相容，索尼置身事外，稱病不出。
2、在鑲黃旗與正白旗圈換土地問題上鰲拜與蘇克薩哈的矛盾勢同水火，鰲拜有意壓正白旗，堅持兩旗土地對換直隸總督朱昌祚巡撫王登聯也持反對意見，鰲拜大怒，即以此事，謀興大獄，下刑部議罪，必欲置之於死地，年已十三歲的康熙帝召四輔臣詢問，屬兩黃旗的索尼，遏必隆對鰲拜堅奏蘇納海等應置重典一事不表示反對，康熙帝輔臣意見分歧，批准。鰲拜不考慮康熙帝意旨，假借皇帝名義，將蘇納海、朱昌祚、王登聯三人處死，索尼對蘇厭惡之感對鰲拜專權亦有不滿。
3、康熙六年三月索尼上書請求康熙帝親政，康熙帝無迴應，而下詔褒獎索尼忠心爲國，加授一等公，與前授一等伯世襲。索尼力辭，康熙帝沒有準許，同年六月，索尼病逝，諡號文忠。
