脊椎動物亞門的動物的脊椎都包在骨頭裏面，是脊索動物門中最大和最先進的亞門。因大多數都具有代替脊索、由脊椎連接組成的脊柱而得名。並以此區別於無脊椎動物。脊椎動物除了具有脊索動物門的三項基本特徵：脊索、背神經管、鰓裂外，還 有幾方面進步性的特徵。體內出現了由許多塊脊椎骨連接而成的脊柱，它代替了脊索，成爲新的支持身體的中軸和保護脊髓的器官。在低等脊椎動物，脊索仍保留着作爲支持結構，但出現了雛形脊椎骨，而在多數脊椎動物，則只在胚胎時期有脊索，以後就被脊柱所代替了，脊索逐漸退縮，僅留殘餘或完全退
