首先，“焚書”發生在秦國郡縣制實行第八年，起因是博士齊人淳于越上書廢除郡縣制，主張恢復分封制。而該主張遭到了李斯的大力反對，駁斥了淳于越觀點的同時，李斯提倡焚書，並禁止以私學非議朝政。其次，“坑儒”發生在“焚書”的第二年，起因是術士盧生和侯生沒有爲秦始皇求得不老仙藥，爲了掩飾自己的過錯，便開始在私下詆譭、誹謗秦始皇。後被秦始皇發覺後，兩人奪路而逃。由於二人的緣故，方士、術士開始失去了秦始皇的信任。
“焚書坑儒”一詞出處《史記·卷121·儒林列傳》的說法是“及至秦之季世，焚詩書，坑術士，六藝從此缺焉”。經常被“坑儒”觀點引做證據的是《史記·秦始皇本紀》中秦始皇長子扶蘇的話(“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安，唯上察之。”)，西漢末孔安國(孔子10世孫)《〈尚書〉序》亦言：“及秦始皇滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士逃難解散。”西漢劉向《〈戰國策〉序》：“任刑罰以爲治，信小術以爲道。遂燔燒詩書，坑殺儒士”。
