吸入季銨鹽對呼吸系統有中度刺激性,食入季銨鹽會對嘴巴、喉嚨及胃部造成灼熱感。季銨鹽的毒性一般較胺低,但也有不少毒性較大,例如用作陽離子表面活性劑的氯化十二至十六烷基二甲基苄基銨,對於青蛙的口服半致死量爲30毫克/千克。