現在關於翼龍滅亡的原因一共有兩種普遍被人們所接受：1、由於早期鳥類的競爭最終導致了翼龍的滅亡，到了白堊紀末期，只有發現大型翼龍類而小型翼龍類已消失，生態位被早期鳥類取代，但是化石紀錄缺乏翼龍的現象，也可能是因爲它們的骨架脆弱、難以保存所致，而跟鳥類的生物多樣性無關；2、由於大多數翼龍發展成依靠海洋的生活模式，所以當白堊紀末滅絕事件嚴重地影響翼龍類賴以爲生的海洋動物時翼龍類也隨之滅絕。
