華南農業大學獸醫學院歷史悠久，1952年由原中山大學、嶺南大學、廣西大學的畜牧獸醫系合併成爲華南農學院畜牧獸醫系，首任系主任爲中國著名獸醫學家鄺榮祿教授。1987年成立華南農業大學獸醫系，1993年更名爲動物醫學系，2001年更名爲獸醫學院。2002年，在動物醫學專業的基礎上增加小動物疾病防治方向，2004年又設動物醫學專業動物藥學方向，2005年，在動物醫學專業動物藥學方向的基礎上設立了動物藥學專業。
學院的科研工作走在全國同行前列，在2003年SARS病原溯源工作和近年來禽流感疫情的防控中作出了突出貢獻，受到省委省政府的表彰。在科技成果轉化方面，獸醫學院一直走在全校的前列，創辦的實驗獸藥廠、華天公司等均是我校科技開發的佼佼者。研製開發的禽流感滅活疫苗、球必清等均已成爲國內的暢銷產品，爲國家養殖行業挽回了巨大的經濟損失。
