從臨牀表現來看，新型冠狀病毒肺炎起病以發熱爲主要表現，可合併輕度乾咳、乏力、呼吸不暢、腹瀉等症狀，流涕、咳痰等其他症狀少見。一半患者在一週後出現呼吸困難，嚴重者快速進展爲急性呼吸窘迫綜合徵、膿毒症休克、難以糾正的代謝性酸中毒和出凝血功能障礙。部分患者起病症狀輕微，可無發熱等臨牀症狀，多在一週後恢復。多數患者預後良好，少數患者病情危重，甚至死亡。由於此種肺炎患者往往有發熱，雙肺瀰漫性、浸潤性病變，首先需要與其他類型肺炎進行鑑別，例如細菌性肺炎或支原體、衣原體肺炎等非病毒性肺炎，細菌性肺炎患者往往血象較高，且以單肺爲主，咳嗽時可有膿痰。其次，與其他病毒性肺炎相鑑別。很多病毒都會引起肺炎，例如流感病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒、腺病毒等，但這些病毒感染引起肺炎概率相對較低，而新型冠狀病毒感染患者出現肺炎機率較高，傳染性較其他病毒性肺炎強。另外，還需要與間質性肺疾病尤其是急性間質性肺炎相鑑別，主要從流行病學、影像學表現等來進行鑑別。
