發證單位不一樣：《醫師資格證》由國家衛生部統一發放；《醫師執業證書》是獲得了醫師資格證書後申請的由當地衛生局發的。有效期不一樣：《醫師資格證》證書永久有效；持有《醫師執業證書》人員，觸犯有關條例後，證書會被註銷註冊。
《醫師資格證》屬於醫療技術方面的認可，證明持證人具有獨立從事醫療活動的技術和能力。醫師資格證是行業准入考試合格獲得的證書。醫師資格證考試是評價申請醫師資格者是否具備從事醫師工作所必須的專業知識與技能的考試。可以評價申請醫師專業知識的能力。
《醫師執業證書》表示允許你在某個醫院行醫，並規定了你的行醫範圍，這是一個行政方面的認可。該證書也是判定醫師是否具有從醫資質的最重要標準，沒有獲得執業醫師證的所謂“醫師”屬於“非法行醫”行爲。
醫生要行醫必須先參加執業醫師資格考試，取得《醫師資格證》。再攜帶《醫師資格證》到個人工作醫院所在地的衛生局註冊取得《醫師執業證書》，兩個證都拿到，纔有資格行醫。
