農村土地使用合同是可以補辦的。農村土地使用合同補辦流程:(一)向所在鄉鎮的土地管理所遞交補辦土地使用合同的申請;(二)當地相關部門會派人前去核實自發證起房子是否保持現狀及有沒有擴建等情況;(三)相關部門覈實確認後,需要登報說明遺失情況;(四)按當地土地管理所要求攜帶資料前去補辦。