瀾滄江水系主要由幹流和衆多的支流組成，流域面積大於100平方千米的支流有138條，流域面積大於1000平方千米的支流有41條，較大的支流一般分佈在上游和下游。一般支流較短，多爲20至50千米，天然落差特別大，一般在2000-3000米。
主要支流有：子曲、昂曲、蓋曲、麥曲、金河、FDC3江、漾濞江、西洱河、羅閘河、小黑江、威遠江、南班河、南拉河等。
瀾滄江支流特點是落差大、水資源豐富，上中游降水量少，有雪水補給，水量穩定，下游地處熱帶、亞熱帶氣候區，降水量大，水量充沛，但缺乏調節水庫，以引水式開發爲主。
