水晶的主要化學成份是二氧化硅，並含有微量的鋁、鐵等金屬元素。當二氧化硅結晶完美時就是水晶；結晶不完美的就是石英：二氧化硅膠化脫水後就是瑪瑙；二氧化硅含水的膠體凝固後就成爲蛋白石；二氧化硅晶粒小於幾微米時，就組成玉髓、燧石、次生石英岩。
水晶是寶石的一種，在礦物學上屬於石英族。純淨時形成無色透明的晶體。當含微量元素鋁、鐵等時呈粉色、紫色、黃色，茶色等。經輻照微量元素形成不同類型的色心，產生不同的顏色，如紫色、黃色、茶色，粉色等。含伴生包裹體礦物的被稱之爲包裹體水晶，如發晶、綠幽靈、紅兔毛等，內包物爲金紅石、電氣石、陽起石、雲母，綠泥石等。
